Eklem rahatsızlıklarında hastanın akut dönemlerde ağrıları olabilir. Çene eklemini ve çevre dokuları etkileyen ağrı diğer ağrılı durumlarda olduğu gibi hastanın yaşam konforunu azaltır, sosyalleşmesini engeller ve bunların yanında gıda tüketimini azaltarak kişinin savunma mekanizmasını da güçsüzleştirir.

Çene eklem rahatsızlıklarında ağrı nedeni, eklem içi ve eklem dışı olarak ikiye ayrılabilir.

Eklem içi ağrıların ana nedeni eklem diskinin kaymasıdır. Diskin kaymasına bağlı olarak eklem hareketlerinde kemikler arasına sıkışan disk kadar sert olmayan dokular tahriş olur ve üzerlerinde yaralar gelişir. Bu yaralanmalar sonucunda hasta  çene hareketleri sırasında ağrı duyar.

Eklem içindeki yaralanmalara bağlı olarak eklem içerisindeki sıvı birikimi artarsa, eklem bölgesini sınırlayan kapsüler doku şişer ve bunun sonucunda enflamasyona bağlı kendiliğinden oluşan ağrılar gelişir. Bazı durumlarda hastalar bu ağrıyı kulak ağrısı zanneder ve Kulak Burun Boğaz doktorlarına başvururlar.

Hastanın ağrılarını hızlı bir şekilde azaltmak ve eklem içindeki enflamasyonu kontrol altına alabilmek için çeşitli ilaçlar kullanılabilir. Ağrı kaynağı hem kas hem eklem içi enflamasyon  olabileceği için verilecek ilacın hem enflamasyonu azaltacak hem de ağrıyı azaltacak ilaç olmasını isteriz. Şiddetli enflamasyonlarda bazen yüksek doz steroid kullanabiliriz ancak çok tercih ettiğimiz bir durum değildir. Bunun yanında kas spazmlarını azaltmak ve disk hareketini kolaylaştırmak için kas gevşetici ilaçlar da kullanılabilmektedir.